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发布时间:2022-04-14 10:31:09
PCR循环参数
预变性模板DNA完全变性与PCR酶的完全激1活对PCR能否成功至关重要,建议加热时间参考***说明书,一般未修饰的Taq酶激1活时间为两分钟。
变性步骤:循环中一般95℃,30秒足以使各种靶DNA序列完全变性,可能的情况下可缩短该步骤时间。变性时间过长损害酶活性,过短靶序列变性不,易造成扩增失败。
引物退火:退火温度需要从多方面去决定,一般根据引物的Tm值为参考,根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对PCR的特异性有较大影响。
引物延伸:引物延伸一般在72℃进行(Taq酶***适温度)。但在扩增长度较短且退火温度较高时,本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定,一般推荐在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。
循环数:大多数PCR含25-35循环,过多易产生非特异扩增。
***后延伸在***后一个循环后,反应在72℃维持10-30分钟.使引物延伸完全,并使单链产物退火成双链。
PCR技术的基本原理
PCR技术是在模板DNA、引物和四种dNTP等存在的条件下.依赖于DNA聚合酶(T aq酶)的酶.促合成反应。其具体反应分三步:变性、退火、聚合。以上三步为一个循环,每一 循环的产物DNA又可以作为下一个循环模板,数小时后,介于两个引物之间的目的DNA得到了大量的copy,经25~ 30次循环DNA数量可达2x1067拷贝数。
锚定PCR(Anchored PCR. APCR技术.
用酶法在一通用引物反转录cDNA3'-末端加上一段已知序列,然后以此序列为引物结合位点对该cDNA进行扩增,称为APCR.应用:它可用于扩增未知或全知序列,如未知cDNA的制备及低丰度cDNA文库的构建。
突变:PCR克1隆的一大优点是能够通过克1隆将所需突变引入目的***中,以便进行突变研究。在 定1点突变中,经过设计的PCR引物可将碱基置换、删除或插入整合到特定序列中。引物***到已克1隆至质粒中的序列上。随后,含有引入突变的PCR产物通过自我连接,重新生成环状质粒,并用于转化感受态细胞。
测序:PCR是为测序富集模板DNA的一种相对简单的方法。为保证DNA序列准确性,强烈建议使用高保真PCR来制备测序模板。在 Sanger测序中,PCR扩增片段经纯化并用于测序反应。使用常用的测序引物结合位点对PCR引物的 5′末端进行标记,以简化测序工作流程。
二代测序 (NGS)中,PCR被广泛用于构建DNA测序文库。在NGS文库制备中,DNA样品通过PCR反应富集(在起始量有限的情况下)并使用adaptor(以及用于多重检测的index)标记。除了具有高保真度,DNA聚合酶还应具有***小的扩增偏好性,从而使测序文库具有高覆盖度。
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