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PCR引物设计的基本原则

引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。

引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。

引物内部不应出现互补序列。

两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。

引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，

引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。引物3‘端的碱基，特别是***末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，***佳选择是G和C。

引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地1高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。

    

反向PCR( Inverse PCR, IPCR术

原理:反向PCR是克1隆已知序列旁侧序列的一种方法，主要原理是用一种在已知序列中无切点的限制性内切酶消化***组DNA.后酶切片段自身环化.以环化的DNA作为模板，用一对与已知序列两端特异性结合的引物，扩增夹在中间的未知序列。该扩增产物是线性的DNA的部分片段，大小取决于.上述限制性内切酶在已知基闲侧翼DNA序列内部的酶切位点分布情况。用不同的限制性内切酶消化，可以得到大小不同的模板DNA，再通过反向PCR获得未知片段。

该方法的不足是:①需要从许多酶中选择限制酶，或者说必须选择一种合适的酶进行酶切才能得到合理大小的DNA部分片段。这种选择不能在非酶切位点切断靶DNA。②大多数有核***组含有大量中度和高度重复序列，而在YAC或Co***id中的未知功能序列中有时也会有这些序列，这样，通过反向PCR得到的探针就有可能与多个***序列杂交。

PCR有哪些应用领域？

***表达

通常可通过PCR来检测不同细胞类型、***和生物体在特定时间点的***表达差异。首先，从目标样品中分离出RNA并将mRNA逆转录成cDNA。随后，通过由PCR扩增的cDNA数量，确定mRNA的初始水平。这一过程也被称为逆转录PCR。

终点PCR 可通过凝胶里的扩增产物条带强度对RNA的表达进行定量（一种半定量方法）。例如，对起始cDNA进行连续稀释并扩增。通过凝胶电泳使不同起始量的终点PCR得率可视化，然后对条带强度进行定量，并以管家***为参照进行标准化，预估扩增靶点的相对表达水平。如今，终点PCR已基本被实时PCR 或qPCR 取代了，因为它们可获得和的***表达定量结果。

原位PCR仪

它是由主机，加热模块，玻片，热盖，控制软件组成。主要是应用对细胞或***内的DNA部分片段进行原位扩增分析-即***分析，如病源***在细胞的位置或目的***在细胞内的作用位置等。是保持细胞或***的完整性，使PCR反应体系渗透到***和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置上进行***扩增，不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究***的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值。它无需将细胞破碎提取DNA，细胞内有DNA酶的作用扩增受到一定的影响，使用不是很普遍。

该仪器主要应用于***临床研究，如***细胞等。