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限制酶的限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。Methylation是常见的修饰作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保护。通过甲1基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。

所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的细菌，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被Methylation了。但并不是说一旦Methylation了，所有限制酶都不能切割。大多数限制酶对DNAMethylation敏感，因此当限制酶目标序列与Methylation位点重叠时，对酶切的影响有3种可能，即不影响、部分影响、完全阻止。

对MethylationDNA的切割能力是限制酶内在和不可预测的特性，因此，为有效的切割DNA，必须同时考虑DNA Methylation和限制酶对该类型Methylation的敏感性。另外，大部分商业限制酶如今专门用于切割Methylation DNA。

人工酶与限制酶的区别是什么？

生物体内的天然酶都是由几百个氨基酸分子组成的蛋白质。酶所以有那么强的催化作用，跟它特有的结构有关。酶有一个活化中心，即它的催化基因。在化学反应中，催化基因处在两个底物小分子中间，把两个小分子紧紧地拉在周围，使它们结合起来。这就好比一个大人的两只手拉住两个小孩使他们亲近。酶的这种作用能大大加速生物化学反应。

在细菌内存在的一类能识别并水解外源DNA限制性内切酶，它具有很好的专一性，能识别DNA上的特定位点，将DNA的两条链都切断，形成黏性末端或平末端。DNA经限制酶切割后产生的具有碱基互补单链的末端称为黏性末端。限制酶的生物学功能在于降解外面侵入的DNA而不降解自身细胞中的DNA，因自身DNA的酶切位点经修饰酶的甲1基化修饰而受到保护。限制酶较为稳定，常用的约100多种并已转化为商品。限制酶在分析染色体结构、制作DNA的限制酶图谱、测定较长DNA序列以及基因的分离、基因的体外重组等研究中是不可缺少的重要工具酶。

限制酶作为酶类，诀定其催化作用具有高1效性、专一性和作用条件温和等特点。其中专一性的具体表现为:某种限制酶只能催化DNA上特定序列特定位点的磷酸二脂键水解，结果是使DNA分子被分割成不同的DNA部分片段。限制酶所识别的双链DNA上的序列具有“回文对称”性质，即无论是奇数个碱基还是偶数个碱基,都可以找到一条中心轴线，中心轴线两侧的双链DNA上的碱基是反向对称重复排列的。当限制酶在它识别序列的中心轴线两侧将DNA的两条链分别切开时，即错位平切，产生的是黏性末端;当限制酶在它识别序列的中心轴线处切开时，即平切,产生平末端。错位切的限制酶在基因工程中比较会常使用到，因为与平末端相比较，黏性末端更有利于DNA部分片段的连接。