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发布时间:2021-11-20 05:32:50
随着***组测序、分子生物学检测手段的快速发展,PCR和荧光定量PCR实验,正在越来越多的实验室应用。然而,PCR作为一种高灵敏度的检测手段,PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。
PCR实验室中,很容易发生DNA的交叉污染,污染通常来自于离心管、移液器和其他试验设备产生的DNA气溶胶,或DNA溶液污染桌面,或吸样枪不慎将样品或模板核酸吸入枪内。据估算,一个气溶胶颗粒可含48000个DNA拷贝。 因此,为保证PCR试验的数据准确,避免交叉污染,应定期对PCR实验室做DNA污染情况的监测。
在选用支原体PCR法检测来替代药典方法时,需要考虑如下两个方面:
首先一步是要使用符合欧洲药典要求,经过全方面验证的支原体检测***盒,第二部是自我验证,即确认所用的样本基质对于该***盒方法是合适的,并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的***盒,然后加入10CFU的标准品,做复孔(通常是8个复孔),并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供CFU与***拷贝数的比值,以方便二者的换算。因为10CFU只能确定PCR能够达到的检测限在10CFU以下,但无法具体确定灵敏度的数值。带DNA拷贝数标定的***组DNA标准品则可进一步确定检测限的数值。
总之,PCR方法很有用,但需要避免假阴性,验证时应使用阳性对照、阴性对照、无模板对照和内控对照,以保证PCR反应正常,以及支原体少量存在时确实能检出来,支原体不存在时也确保是结果阴性,从而使得PCR方法在工业应用时能确保***终结果的可靠。
为什么用无水乙醇沉淀DNA
用无水乙醇沉淀DNA,这是实验中较常用的沉淀DNA的方法。乙醇的优点是可以任意比和水相混溶, 乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全,因此是理想的沉淀剂。
DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合。一般实验中,是加2倍体积的无水乙醇与DNA相混合,其乙醇的***终含量占67%左右。 因而也可改用95%乙醇来替代无水乙醇(因为无水乙醇的价格远远比95%乙醇昂贵)。
但是加95%的乙醇使总体积增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA损失也增大, 尤其用多次乙醇沉淀时,就会影响收得率。折中的做法是初次沉淀DNA时可用95%乙醇代替无水乙酵, 后面的沉淀步骤要使用无水乙醇。也可以用0.6倍体积的异丙1醇选择性沉淀DNA。一般在室温下放置15-30分钟即可。
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