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限制性酶切分析法

限制性酶切分析法是指***组或一段核酸用限制性内切酶消化产生的片段经电泳等方法分离形成特别的条带图谱，对DNA序列的特征进行的分析。限制性酶是生物体内能识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶。它是可以将外来的DNA切断的酶，即能够限制异源DNA的***并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用。

限制酶是***工程中所用的重要切割工具。科学家已从原核生物中分离出了许多种限制酶，并且已经商品化，在***工程中广泛使用。根据限制酶切割的特点，可将它们分为两大类：一类是切割部位无特异性的；另一类是可特异性地识别核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上进行切割。

质粒载体和外源ＤＮＡ中限制酶切位点的性质

    如今，质粒载体中限制酶切位点的种类极为繁多，因而通常都有可能找到某种带限制酶切位点恰恰与外源ＤＮＡ部分片段本身毫无二致的载体。这就具备一个不可1比拟的优点，也应是可以用相应的限制酶消化重组质粒崦回收外源ＤＮＡ。另一种方案，则是把片段插入到载体中能产生匹配末端的任何位点中。例如，识别不同的六核苷酸的限制酶BamHl和BglⅡ产生具有相同突出末端的限制酶切片段，这样用BglⅡ消化而制备的外源ＤＮＡ部分片段可以克1隆到用BanHl消化的质粒中。这通常会使接合序列不能被曾用于外源ＤＮＡ或制备载体的任何一种酶所切开。然而很多清况下，用切点位于多克1隆序列侧翼的限制酶进行消化，可将片段从重组质粒中摘出。偶尔在质粒的以及外源ＤＮＡ两端的限制酶切位点之间，不可能找到“门当户对”的搭配关系。这时可用下面两种方案加以解决：

   1）在线状质粒末端和（或）外源ＤＮＡ部分片段的末端接上合成在接头或衔接头。

   2）在得到控制的反应条件下，用大肠杆1菌ＤＮＡ聚合酶I Ｋlenow片段部分补平带3凹端的ＤＮＡ部分片段。如第九章所讨论，这样常可以使那些不相匹配的限制酶切位点转变为互补末端，从而促进载体和外源ＤＮＡ的连接。因为部分补平的反应消除了同一分子两端彼此配对的能力，故连接反应过程中环化和自身寡聚化的机会也会有所降低

　　限制性内切酶已有百余种，每种酶有其特定的核苷酸序列识别特异性，酶的活性需Mg+2来激1活。不同的酶也有许多差别：有些酶除需Mg+2外，还需ATP 等其他辅助因子的激1活;切割位点和识别序列间的距离不同;有的内切酶同时具有甲1基化作用。根据这些差别，可将限制性内切酶分为I、II 和III 种类型。II 型限制性内切酶只需要二价镁离子的激1活，酶在其识别序列内切割双链DNA，产生的各种DNA部分片段具有相同的末端结构，而且大多数的II 型酶可提供粘性未端，有利于片段再连接，大部分II 型酶所识别的序列具有反向对称的结构，或称之回文结构。如EcoRI 和HindIII 的识别和切口分别为：

　　EcoRI ： G ↓AATT C HindIII ： A↓AGCT T

　　T TCGA↑ A C TTAA↑G

蓝白斑筛选鉴定

　　用于克1隆的酶还须通过额外的质量鉴定――蓝白斑筛选鉴定，以确定经酶过量消化后DNA末端的完整性。该种鉴定方法为：用酶10倍过量消化适当的载体上lacZ***中单一的酶切位点，连接，转化，并涂XGal/IPTG/Amp平板。成功地切割、连接和表达b-galactosidase可以说明克1隆后***是完整的，一个完整的***产生蓝斑，一个不完整的***(例如，降解的DNA末端)产生白斑。在进行蓝白斑鉴定中，所有的限制性内切酶产生的白斑数量不应超过3%。