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发布时间:2021-11-11 19:07:33
tRNA二级结构
约50%碱基配对,形成四段双螺旋,与五段非配对序列形成三叶草形结构。
该结构中存在四臂四环:
①氨基酸臂。
②二氢尿***H4N2臂(DHU臂、D臂)和二氢尿***H4N2环(DHU环、D环),特征是含二氢尿***H4N2(DHU、D)。
③反密码子臂和反密码子环,特征是反密码子环含反密码子。反密码子5′端与尿苷酸连接,3′端与piao呤核苷酸连接。TΨC臂(T臂)和TΨC环(Ψ环),特征是TΨC环含胸腺***H4N2核糖核苷酸T54假尿苷酸Ψ55胞苷酸C56。
④额外环3~21nt。
tRNA三级结构呈L形,氨基酸结合位点位于其一端,反密码子环位于其另一端,DHU环和TΨC环虽然在二级结构中位于两侧,但在三级结构中却相邻。尽管各种tRNA的长度和序列不尽相同,但其三级结构相似,提示三级结构与其功能密切相关。
PCR产物的回收(胶回收***盒)
1.胶回收的目的(1)去除非特异性扩增的产物(2)去除多余的底物(3)去除多余的Taq酶(4)得到目的片段
2.胶回收的过程(1)切胶:紫外下切胶,称重。之后用枪头将胶块捣碎。切胶的刀片建议选用一次性刀片,实验台等也尽可能用乙醇擦拭干净。可通过空EP管与装胶EP管质量的差值计算胶的质量。注意切胶时尽可能避免切到条带外的凝胶,且避免紫外时间过长。别忘记胶条有厚度,前后多余的部分也尽量切除。(2)溶胶:每1 mg胶加入1 μL膜结合液(MB),按比例1:1加入MB,55℃水浴溶解。每1~2 min震荡混匀,待溶解后至少在水浴中保持1~2 min,保证胶块完全溶解。在电泳过程中,DNA会与大分子的多糖紧密结合,凝胶的种类和质量不同,DNA与之结合力也不同,只有凝胶充分溶解DNA才能充分释放。否则,凝胶将与DNA一起沉淀下来,洗脱后将影响回收结果的纯度。(3)结合:将溶胶转移至纯化柱内,12000 rpm离心1 min,倒掉收集管中的废液,将纯化柱重新插回收集管中。胶块完全溶解后建议将胶液温度降至室温再上柱,因为纯化柱在温度较高时结合DNA的能力较弱。
为什么用无水乙醇沉淀DNA
用无水乙醇沉淀DNA,这是实验中较常用的沉淀DNA的方法。乙醇的优点是可以任意比和水相混溶, 乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全,因此是理想的沉淀剂。
DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合。一般实验中,是加2倍体积的无水乙醇与DNA相混合,其乙醇的***终含量占67%左右。 因而也可改用95%乙醇来替代无水乙醇(因为无水乙醇的价格远远比95%乙醇昂贵)。
但是加95%的乙醇使总体积增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA损失也增大, 尤其用多次乙醇沉淀时,就会影响收得率。折中的做法是初次沉淀DNA时可用95%乙醇代替无水乙酵, 后面的沉淀步骤要使用无水乙醇。也可以用0.6倍体积的异丙1醇选择性沉淀DNA。一般在室温下放置15-30分钟即可。
用乙醇沉淀DNA时为什么一定要加NaAc或N***
在pH为8左右的溶液中,DNA分子是带负电荷的,加一定浓度的NaAc或N***,使Na+中和DNA分子上的负电荷, 减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,易于互相聚合而形成DNA钠盐沉淀,当加入的盐溶液浓度太低时, 只有部分DNA形成DNA钠盐而聚合,这样就造成DNA沉淀不完全,当加入的盐溶液浓度太高时, 其效果也不好。在沉淀的DNA中,由于过多的盐杂质存在,影响DNA的酶切等反应,必须要进行洗涤或重沉淀。
加核糖核酸酶降解核糖核酸后,为什么再要用SDS与KAc来处理?
加进去的RNase本身是一种蛋白质,为了纯化DNA,又必须去除之,加SDS可使它们成为SDS-蛋白复合物沉淀,再加KAc使这些复合物转变为溶解度更小的钾盐形式的SDS-蛋白质复合物,使沉淀更加完全。也可用饱和酚、*抽提再沉淀,去除RNase。在溶液中,有人以KAc代替NaAc,也可以收到较好效果。
在***操作实验中,磷酸盐缓冲系统(pKa=7.2)和硼酸系统(pKa=9.24)等虽然也都符合细胞内环境的生理范围(pH),可作DNA的保存液,但在转化实验时,磷酸根离子的种类及数量将与Ca2+产生Ca3(PO4)2沉淀,在DNA反应时,不同的酶对辅助因子的种类及数量要求不同,有的要求高离子浓度,有的则要求低盐浓度,采用Tris-HCl(pKa=8.0)的缓冲系统,由于缓冲液是TrisH+/Tris,不存在金属离子的干扰作用,故在提取或保存DNA时,大都采用Tris-HCl系统,而TE缓冲液中的EDTA更能稳定。
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